Pour faire simple, il existe deux sortes de champignons : ceux que l’on peut cueillir, et éventuellement consommer, et qui sont un état temporaire d’un organisme permanent appelé macromycète, et ceux que l’on ne peut pas voir à l’œil nu : les champignons microscopiques, ou micromycètes. Les premiers sont responsables d’intoxications alimentaires quand ils sont vénéneux (toxiques) ; ces intoxication peuvent être mortelles, souvent par hépatite fulminante (amanite phalloïde).
Les seconds sont responsables de mycoses, ou infections mycosiques, que l’on appelle également fongiques (ou fungiques : les deux se disent, avec la même prononciation) : en latin, champignon se dit fungus.
La discipline qui étudie les champignons, macroscopiques ou microscopique, est la mycologie.
Attention, l’adjectif « mycotique » n’est pas en rapport avec les champignons. Il n’est utilisé que dans un cas précis, l’anévrisme mycotique, qui est une complication d’une endocardite bactérienne : l’anévrisme mycotique n’est pas mycosique.
Les infections mycosiques sont en règle générales des affections de la peau et des phanères : dermatomycose pour la peau, onychomycose pour les ongles, teigne pour le cuir chevelu. Le plus connu de ces champignons microscopiques est le candida albicans ; il est habituellement commensal, mais peut devenir pathogène et provoquer des mycoses de la peau et des muqueuses, et même des candidoses systémiques (candidémie). Les candidas sont des levures, ou champignons levuriformes.
Contrairement à ce que son nom laisse doublement supposer, le mycosis fongoïde n’est pas une mycose, mais une hématodermie (maladie du sang et de la peau).
Les traitements destinés à combattre les champignons pathogènes sont des antimycosiques ou des antifongiques. Les fongicides sont des pesticides qui s'attaquent aux champignons. Ils ne sont pas employés en thérapeutique.