Chez les Grecs anciens, la pharmacopée désignait l’art de préparer les médicaments. Plus tard, et jusqu’au XIXème siècle, une pharmacopée était une encyclopédie des plantes médicinales, une sorte de « Dictionnaire Vidal » de l’époque.
De nos jours, ce terme désigne un recueil à caractère officiel et règlementaire des matières premières autorisées par un pays (ou un groupe de pays) pour la fabrication des médicaments. Il existe donc une pharmacopée française (dénommée « codex » jusque dans les années 60), une pharmacopée européenne, publiée par le Conseil de l’Europe, et une pharmacopée mondiale, sous l’égide de l’OMS.
Pharmacopée désigne aussi, par métonymie (figure de rhétorique fréquente), l’ensemble des médicaments ou plantes médicinales utilisés dans une région ou une époque données.