Est pathogène tout ce qui est susceptible de provoquer une maladie. Cet adjectif s’emploie essentiellement à propos des microbes, et l’on oppose les germes pathogènes, susceptibles de déclencher une infection, aux germes saprophytes, avec qui notre organisme vit habituellement en parfaite harmonie. Le pouvoir pathogène mesure cette capacité d’un micro-organisme à provoquer une infection.
On dispose de trois synonymes pour désigner les processus à l’œuvre dans le déclenchement et le développement d’une maladie, ainsi que des évènements ayant conduit à l’apparition de l’affection : la pathogénie, la pathogenèse, et la pathogénésie, qui est un terme créé par le fondateur de l’homéopathie (Samuel Hahnemann), avec une acception spécifique à cette discipline.